本宮創建於清康熙四年，明永曆十九年(西元1665年)。

本宮位於台南縣北門鄉三光村三寮灣。是濱海的一個小漁村。在三百三十八年前，先民由大陸渡海來台時，為保佑航海平安，特奉請故鄉神明　李府千歲金尊隨船保護渡台。來台後落腳於此，初搭建三間草寮安身，因三間草寮之間，道路彎曲，因而有「三寮灣」之稱而沿用至今。

先民們初來乍到，生活困苦，其奉請來台的　李府千歲金身，無處安座，只好置於工具籃中。爾後，因王爺神威顯赫，屢求必應，於數年後蓋草寮奉祀，供善信參拜。

從此，神威更顯，護佑生民，消災改厄，香火日盛。後來善信們為崇功報德，乃集資於民前十年（一九○二年）興建公厝型廟宇──慈安宮奉祀，此為「三寮灣東隆宮」的前身。

民國卅年，日人為箝制台胞思想，推行「皇民化運動」，嚴禁人民奉祀神佛，且大肆拆除寺廟，焚毀神像，當時全省各地被拆廟宇及焚毀神像不計其數。但日本警察目睹本官 李府千歲神功卓著，正氣昭彰，特法外相待，不敢造次，因此， 李府千歲金身得以保存至今。

本宮位於台南縣北門鄉三光村三寮灣。是濱海的一個小漁村。在三百三十八年前，先民由大陸渡海來台時，為保佑航海平安，特奉請故鄉神明　李府千歲金尊隨船保護渡台。來台後落腳於此，初搭建三間草寮安身，因三間草寮之間，道路彎曲，因而有「三寮灣」之稱而沿用至今。

先民們初來乍到，生活困苦，其奉請來台的　李府千歲金身，無處安座，只好置於工具籃中。爾後，因王爺神威顯赫，屢求必應，於數年後蓋草寮奉祀，供善信參拜。

從此，神威更顯，護佑生民，消災改厄，香火日盛。後來善信們為崇功報德，乃集資於民前十年（一九○二年）興建公厝型廟宇──慈安宮奉祀，此為「三寮灣東隆宮」的前身。

民國卅年，日人為箝制台胞思想，推行「皇民化運動」，嚴禁人民奉祀神佛，且大肆拆除寺廟，焚毀神像，當時全省各地被拆廟宇及焚毀神像不計其數。但日本警察目睹本官 李府千歲神功卓著，正氣昭彰，特法外相待，不敢造次，因此， 李府千歲金身得以保存至今。

本宮是一傳統閩南式廟宇建築，格局恢弘秀麗，精緻典雅，是榮獲「國家薪傳獎」的福建省溪底派閩式廟宇大木匠師王錦木老先生所精心設計，他在榮獲「薪傳獎」發表談話時公開表示，三寮灣東隆宮是一座最能代表他溪底派整體建廟理念與風格的廟宇，也是他一生中最滿意的作品。

其他如門神彩繪：潘麗水先生，堵頭彩繪：李漢卿先生，廟脊剪黏：葉進祿、葉進益先生，木部雕刻：蘇永欽先生等，皆是榮獲「國家薪傳獎」或名重一時的著名匠師，所以本宮堪稱集名家大成之經典廟宇建築傑作，而且本廟所用之建材，如觀音石、台灣檜木、牛樟木等皆是道地本土所產，無參雜外來品，所以本廟亦是研究傳統台灣建築藝術之最佳所在。

本宮新建廟宇莊嚴宏偉，金碧輝煌，廟前兩根參天大旗竿，遠遠可見，氣勢萬千。本宮佔地一千餘坪，建坪四百餘坪，建築為三川五門兩殿式格局，屋頂剪黏變化無窮，或雙龍朝三星、或雙龍拜塔、或雙龍搶珠；配以鮮豔的花卉，翠綠的松柏與造型生動的青龍彩鳳、人物瑞獸，交織成瑰麗奇妙的景緻，令人不由駐足細細欣賞。前座代天府，前有石將軍持槍挺立，威風凜凜，頗有大將之風，為他廟所罕見 ; 另有石獅、麒麟數對，神態迥然不同，均為上上之作。登步口，仰目四望，斗拱層層交錯，美不勝收。

前殿殿堂寬廣無比，潔淨莊嚴，兩壁腰牆石刻雕飾，搬演風起雲湧的歷史故事，生動逼真。仰望殿頂崁金漆藻井，在網目層層出挑中，展現匠心獨運的成果 ; 而壁飾鋁製燙金圖案，係仿自台北國家戲院外壁圖飾，瑰麗奪目。內殿蟠龍石柱據立，掌印官與掌劍官分峙左右，含威蘊怒，神威熠熠。神龕金碧輝煌，　李府千歲等神佛，端坐其上，神光照射，庇祐四方黎庶。左龕中軍府，右龕城隍府。

後殿是一座設計新穎，風格別具的二層樓建築，禽前設有新型天井，頂鑲圓玻璃無數，乃採自大輪船窗材，採光極佳，為廟宇創作傑作。精美神龕分上下兩層，上為「凌霄寶殿」，崇祀 玉皇上帝、南斗星君、北斗星君、配祀四大天王及八仙女等。下層為「海山寺」，奉祀 觀音菩薩、韋陀尊者、文衡聖帝、註生娘娘、夫人媽等。左右置王船及神駒，皆仿古代文物放大銅鑄而成。眾神跌坐龕中，天心秉護，祥光瑞氣籠罩其中。

殿頂結螺式藻井，網目層層，美不勝收；天花板上，崁入巨型蟠龍、人物、飛仙等，都是上上之作，頗為可觀。二樓朱紅欄杆，為櫸木良材，上置銅鑄龍鳳花飾板，富麗堂皇。天井左右兩側設「元辰殿」、「太歲廳」、「光明廳」，供善信祈求元神煥彩，消災植福，延年益壽。

宮前，朗闊廟庭前方築「千秋閣」一座，每逢節慶，戲團皆演藝於此，左方置 李府神駒及三簷六角金亭，專供信眾輸誠之用。